В архитектурном плане  храм представляет собой трехнефную базилику, с тремя выступающими апсидами, нартексом и примыкающим к нему небольшим портиком. Храм отличается неплохой сохранностью — уцелели конха алтарной части, поздний западный притвор и стены южного нефа на всю их высоту. В худшем состоянии сохранилась северная часть строения. Гармоничная архитектура храма и превосходная акустика указывает на высокое мастерство древних зодчих. Первоначальное деревянное перекрытие базилики было еще в древности заменено каменными сводами. Для этого у стены были возведены прямоугольные столбы пилястры. Большинство декоративных архитектурных деталей, использованных при строительстве, были изготовлены из привозного византийского мрамора.

Каноническая территория, находившаяся в ведении Цандрипшского епископа, охватывала часть современных Гагрского и Адлерского районов. Поэтому Цандрипшская базилика была крупным культовым и паломническим центром.

В Цандрипшском храме, археологами было обнаружено 15 гробниц. 13 из них располагались  ниже уровня пола и, скорее всего, принадлежали местной знати, а две — являлись местом упокоения мощей святых.

В середине XVI века храм был  разрушен турками, и долгие столетия пребывал в запустении. В начале XX века по инициативе принца А. П. Ольденбургского в храме  провели реставрационные работы. По желанию его супруги Евгении Максимилиановны,  увлекавшейся романтикой средневековых рыцарских орденов, над входом в храм был изваян Мальтийский крест.